Як повітря потрапляє в легені? Щоб у легенях виникло розрідження повітря, міжреберні м'язи скорочуються, ребра піднімаються і грудна клітка розширюється. У результаті цього повітря через ніздрі втягується в гортань, проходить через трахею, бронхи та потрапляє до легенів. Такий механізм дихання забезпечує плазунів киснем краще, ніж земноводних. Це є основою для інтенсивнішого обміну речовин.

Кровоносна система у плазунів, як і у всіх хребетних, замкнена. Як і у земноводних, складається з трикамерного серця (два передсердя, один шлуночок) і кровоносних судин, для неї характерні два кола кровообігу (велике і мале). На відміну від земноводних, у шлуночку серця у плазунів з'являється неповна перегородка, яка розділяє артеріальну та венозну кров таким чином, що до голови надходить практично артеріальна кров, а до органів і тканин надходить хоча й змішана, але більш насичена киснем кров, ніж у земноводних. У крокодилів перегородка в шлуночку повна, отже серце чотирикамерне, як і в людини, але до органів кров надходить все одно змішана.

Незважаючи на досконалішу будову травної, дихальної та кровоносної систем, температура тіла плазунів залежить від температури навколишнього середовища. Вони є пойкілотермними тваринами.

Видільна система плазунів, складається з парних нирок, що лежать уздовж хребта, сечоводів і клоаки.

Нервова система плазунів влаштована так само, як і у земноводних. Мозочок добре розвинений, що зумовлює складні рухи. Але дві півкулі переднього мозку більші і розвинені краще, вони мають кору, що складається з сірої речовини, проте звивин ще немає. Завдяки цьому для плазунів характерна досить складна поведінка, вони здатні до утворення умовних рефлексів.

Що стосується органів чуття, то вони мають складнішу будову. Бічної лінії немає. У плазунів добре розвинені дотик і смак. Втягуючи свій чутливий язик у ротову порожнину, тварини визначають різницю в концентрації певних речовин на обох кінчиках язика і, таким чином, можуть рухатися по сліду, що дозволяє їм успішно полювати. Змії здатні сприймати інфрачервоне випромінювання і відчувати різницю температур у 0,001 °С. Орган слуху за будовою подібний до такого у амфібій.

Плазуни — це роздільностатеві організми. Статеві органи самців сім'яники, а самок — яєчники. Запліднення внутрішнє,