Диференціація клітин у гідри порівняно з губками виражена яскравіше. Так, в ектодермі розміщені шкірно-мускульні, нервові та жалкі клітини (у губок такого не було). У кожній шкірно-мускульній клітині є мускульне волокно, орієнтоване уздовж тіла. Якщо до гідри доторкнутися голкою, всі мускульні волокна стискаються і гідра перетворюється на маленьку грудочку.

Жалкі клітини характерні для всіх кишковопорожнинних. Вони схожі на гарпунну гармату. На зовнішньому боці клітини є чутливий джгутик (спусковий механізм). Усередині — спірально закручена нитка із загостреним краєм. Під час подразнення чутливого джгутика спіраль різко випрямляється, вістря встромлюється в жертву, а по нитці в неї потрапляє крапелька отруйної речовини. Жалка клітина при цьому гине.

Нервові клітини мають характерну зірчасту форму. Вони розкидані по всій поверхні рівномірно і стикаються своїми променями. Ці клітини утворюють нервову систему і передають збудження одна одній і шкірно-мускульним та травним клітинам. Така нервова система називається дифузною. Завдяки цьому для гідри характерні прості безумовні рефлекси.

В ентодермі містяться статеві, травні та залозисті клітини. Залозисті клітини виробляють травні соки і виливають їх у гастральну порожнину. З їх допомогою відбувається перший етап травлення, його називають порожнинним. Потім травні клітини захоплюють шматочки їжі та перетравлюють її внутрішньоклітинно. Травні та залозисті клітини мають джгутики.

І в ектодермі, і в ентодермі є дрібні проміжні клітини, які можуть перетворюватися на будь-який вид клітин. Саме завдяки проміжним клітинам у гідри, так само як і у губки, добре розвинена регенерація.

Обмін речовин. Гідра — гетеротроф, хижак. Вона паралізує жертву за допомогою жалких клітин. У травленні можна виділити два етапи: порожнинне та внутрішньоклітинне.