Усередині тіло заповнене пухкою тканиною — паренхімою, яка утворюється в зародковий період з третього зародкового мішка — мезодерми. У паренхімі розташовуються внутрішні органи.

Травна система складається з ротового отвору, сильної м'язистої глотки та розгалуженого кишечника, який закінчується сліпо (немає анального отвору). Планарія-хижачка, живиться рачками, личинками, слимаками. Вона наздоганяє їх і накриває собою. Потім її глотка випинається і впивається в тіло жертви. Після цього планарія всмоктує вміст. Їжа потрапляє в розгалужений кишечник, який виконує функції перетравлювання і транспорту поживних речовин (тому він розгалужений). Неперетравлені рештки викидаються через глотку назовні.

Дихання здійснюється всією поверхнею тіла дифузно. Дихальної системи немає. Кровоносної системи немає.

Планарія має видільну систему, яка складається з органів, котрі називаються протонефридії. Це розгалужені трубочки, кожна з яких закінчуються клітиною з джгутиками. Вони утворюють рух рідини у видільній системі у бік вивідних каналів, які відкриваються на спинному боці 1—2 парами видільних пор.

Нервова система й органи чуття. У війчастих червів нервові клітини сконцентровані у скупчення, об'єднані в кільце в передній частині тіла, які називають мозковими гангліями. Від кільця відходять парні нервові стовбури, з'єднані поперечними перетинками. Така нервова система забезпечує координацію всього організму, здійснення безумовних рефлексів і роботу органів чуття. Планарії мають такі органи чуття: очі (зір), щупальці (дотик), статоцисти (рівновага), органи хімічного чуття.

Статева система планарій влаштована дуже складно. Планарії — гермафродити, але запліднення у них перехресне, тобто сперматозоїди однієї особини запліднюють яйцеклітини другої. Чоловічі статеві залози виробляють сперматозоїди, а жіночі — яйцеклітини. Є спеціальні вивідні протоки, через які гамети виходять назовні, де й відбувається запліднення.

Вражає здатність планарій до регенерації. Навіть 1/300 частина може відновити все тіло. Цікавим пристосуванням є те, що у разі відсутності їжі планарія перетравлює власну паренхіму й інші органи, окрім нервової системи. Таким чином планарія може розщепити 6/7 власного тіла, а потім відновитися.